棋魂中佐为消失的原因主要有以下几点：
血迹的消失：在《棋魂》中，佐为能够附身在棋盘上是因为棋盘上的血迹。当这血迹逐渐消失时，佐为也因此失去了附身的基础，从而导致了他的消失。
时间流动的印证：佐为领悟到，神明让他在人间滞留千年的时光，是为了让小光看到某一局关键的棋。在这局棋之后，佐为开始感觉到自己一直停滞的时间开始流动。作为这一变化的印证，进藤光发现佐为附身的棋盘上血迹确实在变淡。
佐为的预知与焦虑：佐为预知到自己很快就要消失，并因此表现出焦虑。他希望在自己尚在人间的日子里尽量多跟小光下棋，但小光并未意识到佐为的焦虑，反而认为佐为在过度担忧。最终，在一个风和日丽的男孩节，佐为在小光打盹的空隙中消失了。
